有五大创新措施，一是强调质量，淡化规模，树立学科评价的正确导向。
本次评估全面改革排名性评估的一般做法，采用多项代表性指标代替总量指标，同时对规模指标设置数量上限，克服单纯追求规模的倾向，在“比总量”和“比人均”之间找到“比质量”这个平衡点。
二是创新学生质量评价模式，开创学生质量评价的新视角，注重在学培养质量与毕业后发展质量相结合的评价理念。引入用人单位对“学生毕业后质量跟踪评价”；新增学生派出留学、交流指标，鼓励对学生培养的投入；首次引入全国博士学位论文抽检情况指标，促进博士学位论文质量全面提高。
三是创新学术论文评价模式，营造学术论文评价的良好氛围。以SCI论文数单一指标评价学术论文的做法早已饱受诟病。本次评估首次采用定量与定性、质量与数量、国内与国外相结合的多维度学术论文评价方法。如将论文“他引次数”及“ESI高被引论文数”与最新发表的高水平期刊论文同时纳入评价指标等，创立了学术论文评价的新质量文化。
四是改革科研成果评价模式，强调学科的社会服务能力。强调专利成果的转化与应用，鼓励专利成果为社会经济建设服务。同时，在主观评价部分增加了社会服务和学术道德等内涵，邀请大量行业和企业人士及所有参评单位本学科专家对学科的社会声誉进行全面评价，形成了崇尚创新、重视质量、社会参与的科研评价新模式。
五是分类设置指标体系，突出学科特色，强化分类指导。进一步分门类、分学科设置指标体系，对特色一级学科设置特色指标，克服评估趋同导向。如对艺术类、建筑类、体育、工商管理等学科，设置“艺术创作水平”、“建筑设计水平”、“学生体育比赛获奖”、“优秀案例”等特色指标，鼓励不同学科办出特色。